1989-1991
Двоевластие
Обострение национальных отношений
Создание Армянского национального движения
В августе 1987 года армяне, проживавшие в Нагорно-Карабахской автономной области Азербайджанской ССР и составлявшие в этой автономной области большинство населения, направили в Москву подписанную десятками тысяч людей петицию о передаче автономной области в состав Армянской ССР. В октябре 1987 в Ереване проходят демонстрации протеста против инцидентов с армянским населением села Чардахлу, к северу от Нагорного Карабаха, где первый секретарь Шамхорского районного комитета КПАз М. Асадов вступил в конфликт с жителями села в связи с их протестами против замены директора совхоза армянина азербайджанцем[26]. В защиту идеи переподчинения Карабаха Армении выступает советник Михаила Горбачёва Абел Аганбегян. Зимой 1987 — 1988 годов в Азербайджан начали прибывать беженцы-азербайджанцы из Кафанского и Мегринского районов Армянской ССР. По данным Горбачёв-фонда, первые группы беженцев начали прибывать с 25 января.

В ноябре — декабре 1988 г. в Азербайджане и Армении происходят массовые погромы, сопровождаемые насилием и убийствами мирного населения. По различным данным, на территории Армении погромы приводят к гибели от 20 до 30 азербайджанцев. По данным армянской стороны, в Армении в результате правонарушений на национальной почве за три года (с 1988 по 1990) погибло 26 азербайджанцев, в том числе с 27 ноября по 3 декабря 1988 года — 23, в 1989 году — один, в 1990 — двое. В то же время в столкновениях с азербайджанцами в Армении погибло 17 армян. В Азербайджане наиболее крупные армянские погромы происходят в Баку, Кировабаде, Шемахе, Шамхоре, Мингечауре, Нахичеванской АССР. В ряде городов Азербайджана и Армении вводится чрезвычайное положение. На это время приходится самый массовый поток беженцев — сотни тысяч человек с обеих сторон.

Зимой 1988—1989 г. проводится депортация населения армянских сёл сельских районов АзССР — в том числе северной части Нагорного Карабаха (не вошедшей в НКАО) — горных и предгорных частей Ханларского, Дашкесанского, Шамхорского и Кедабекского районов, а также г. Кировабада (Гянджи). По завершении этих событий армянское население Азербайджанской ССР оказывается сконцентрировано в НКАО, Шаумяновском районе, четырёх сёлах Ханларского района (Геташен, Мартунашен, Азад и Камо) и в Баку (где оно в течение года сократилось примерно с 215 тыс. до 50 тыс. человек).